Теперь решите, какие приложения вам на самом деле необходимы. Некоторые могут оказаться излишествами: например, уверены ли вы в том, что вам очень нужен emacs? Вместо него можно использовать jed.
От вас зависит, что оставлять, а что удалять. Несколько основных правил:
gcc - довольно большой файл. Он используется для компиляции ядра и всех пакетов Linux, у которых есть исходные тексты. Разумеется, он вам понадобится, если вы будете писать собственные программы на C или Fortran (с f2c или g77); поэтому определитесь с вашими потребностями, перед тем как удалить его. Другие компиляторы, например lcc, неплохи, но их уровень ниже, чем у gcc. Поэтому я бы оставил этот файл;
X11 еще больше, но это вещь, которую хотелось бы иметь под рукой. Если вы решились его удалить, то не удаляйте все, постарайтесь обойтись необходимым минимумом: нужный Х-сервер, один простенький менеджер окон, единственный xterm, никаких шрифтов на 100 dpi, и т.п.;
TeX и сопутствующие программы занимают большой объем. Уход от LaTeX и переход на чистый TeX сэкономит много места; это же дает удаление программ предварительного просмотра в X11, таких как xdvi и ghostview, и, возможно, если у вас есть dvitty, dvivga или некоторые им подобные. Если у вас нет необходимости в файлах формата dvi, то, в принципе, вам не нужен X11;
игры никогда не являются "необходимостью".